抗日战争时期是南平高等教育空前繁荣的时期。1938年后，由于日军进犯，闽浙沪三地多所高校向南平山区迁移。在南平的北部，有上海暨南大学、浙江之江大学、上海美专迁入；在南平的南部，有协和大学、华南女子学院、省立师专、福建学院迁入。这些高校分布在建阳、邵武、浦城等地，其中，以当时中国教育界公认的四大名校之一的暨南大学声名为盛。

暨南大学是中国第一所由政府创办的华侨学府。1941年夏，日本与英美等西方国家矛盾日益尖锐，暨南大学在上海租界的办学处境越发艰难。暨南大学商学院院长周宪文、训导长吴修前往福建实地考察后，决定以闽北建阳县（今建阳区）城郊的童游镇（今童游街道）文庙为校址，设立暨南大学分校，并筹建校舍。

1941年11月15日，暨南大学建阳分校正式开学。12月，日军侵占上海租界，暨南大学结束租界办学，学校师生全部迁往建阳。1942年6月，大部分师生陆续抵达建阳，迁校工作完成，建阳分校改为校本部。

由文庙改建的暨南大学校本部的棂星门牌坊正面上刻“国立暨南大学”六个大字，背面刻了“声教南暨”（也作“声教暨南”）四个大字，校仪门内悬挂着何炳松校长撰写的“忠信笃敬”的暨大校训横匾。文庙改建过程中，保留了原有布局，主体建筑大成殿被扩建为礼堂，崇圣祠改建为图书馆、仪器室、阅览室、实验室等，围绕着文庙中心，10多座校舍、宿舍扩展开来。

为避开敌机，学生白天大都躲进防空洞，晚上才点灯上课、自习。当时没有电灯，师生们多用桐油灯和“篾片”。尽管条件艰苦，这一时期暨南大学仍得到了稳步发展。学校管理严密，教学安排和师生生活都井井有条。暨南大学里汇聚了著名史学家、教育家何炳松，语言学家方光焘，著名国画家潘天寿，心理学家胡寄南，历史学家沈炼之，地理学家盛叙功，文学家许杰，经济学家周宪文、孙怀仁等一批学术精英。一时间，建阳成为中国东南地区首屈一指的“文化城”，加之学生读书不忘救国图存，爱国思想广泛传播，暨南大学在此办学时期的建阳，还被誉为“东南民主堡垒”“民主堡垒，革命摇篮”。

暨南大学在建阳立校期间，设立建阳考区，录取建阳考生近10名。暨大学生们成立京剧社、话剧社、歌咏团，创办刊物和壁报等，开展进步理论和文学艺术的学习和活动。学校社团达25个，刊物16种。学生以建阳报纸《大潭报》为舆论阵地，大量刊发暨大“太白文学社”的抗日稿件，文章反响很大。

1946年4月，暨南大学向福建省政府发函提到：现本校奉令复员，定于四月三十日结束；五月一日起，开始迁沪。暨南大学在建阳办学的五年期间，学校共有毕业学生五届557人，培养了语言学家胡裕树、儿童文学家蒋风、国家一级演员陈默等一批高素质人才。