1938年5月，鉴于南方各省沿海日军侵略态势的加剧，为了巩固抗日民族统一战线，便于南方共产党组织按行政区划与国民党当局共同进行抗日，长江局根据中共中央指示，将其所属党组织按行政区划进行调整，“改变原有游击区的形式成立省委，将各边区的组织分别划归各省”“福建之闽西南改归长江局直辖”“闽北和闽东合组省委”。5月下旬，范式人到南昌，接受新调整的福建省委组建任务，并同长江局委员兼东南分局书记项英及东南分局委员黄道等研究了省委有关人选。6月初，范式人返回崇安县坑口乡村头村，向闽浙赣特委书记曾镜冰汇报了长江局与东南分局的决定，正式成立中共福建省委。8月，省委召开扩大会议，宣布省委组成名单和工作部门任职。省委书记曾镜冰，省委常委范式人、王助、汪林兴，省委委员左丰美、郭文焕、俞雅鹿。其中，省委组织部部长原定涂正坤（未到任，1939年3月复派薛尚实担任，一个月后调离，由范式人代理），军事部部长范式人，民运部部长汪林兴，青年部部长王文波、副部长赵湧，妇女部部长徐莲娇。同时宣布经东南分局同意，原属闽西南潮梅特委领导的闽中工委划归福建省委领导。

1938年6月至1939年6月期间，福建省委下设：闽北特委，书记汪林兴，领导崇安、浦城、建瓯县委和邵光顺中心县委；闽东特委，书记郭文焕，领导宁德中心县委（下辖宁德、周墩县委）、福安、政（和）屏（南）、罗源3个县委和连江特别支部；建松政特委（1938年10月前称建松政中心县委)，辖政和县委、松溪县委、建瓯工委和浦南、水吉特区委，书记先后由游火明、左丰美担任；原闽中党组织（闽中工委于1938年8月撤销）分设莆田中心县委，书记苏华，下辖莆田、仙游、永泰等支部；福清中心县委，书记陈金来，下辖福清、闽侯、长乐、平潭等县组织；泉州中心县委，书记李刚，下辖泉州、晋江、南安、惠安、永春、德化、同安等县党组织。为了加强城市党的工作，1938年7月，成立了直属省委领导的南平特别支部。8月成立了福州工委，书记李铁。11月，以南平特支为基础成立南平工委。1939年6月扩建为闽江工委，书记陈公生（1940年3月改为闽江特委，书记李铁，负责领导福州、闽江流域和闽北、闽西北等地的城市工作）。

1939年3月，东南局决定撤销赣东北特委，又将原属闽浙赣特委领导的赣东地区党组织划归福建省委领导。至此，福建省委所属党组织活动范围扩展到福建的41个县（市）和6个特种区，江西的12个县，以及浙江省的庆元、龙泉等县边界地区。这些区域处于南方国民党统治区内，因此党活动的中心区域，是这些县（市）的农村基本地区。