南宋嘉熙年间，朱子理学逐渐得到朝廷的推崇，朱熹生前所极力推广的书院教育、书院讲学形式也开始得到认可，由官方出资的书院在各地创建起来，并以此作为褒扬理学诸子的重要方式。嘉熙二年（1238年），浙江金华人王埜知建宁府，在离开朝廷之际，宋理宗对他说：“游、胡、朱、真流风未泯，表宅里以率其民，则予汝怿。”王埜到任后，在建宁府府治北、前知府韩元吉于淳熙元年（1174年）修建的比园基础上创办建安书院，祭祀朱子，以真德秀配享，并立斋舍，聘请理学家廖德明门人郑师尹、理学家蔡元定孙蔡模教学其中，成为“庆元党禁”之后以官方名义向民间公开教授朱子理学的第一所书院。书院还建有燕居堂，以祀先圣。

旧建安书院门前朱子井（艮泉井）

元末，建安书院因战乱受到波及。明洪武十九年（1386年），建安知县余子薛将书院迁于崇儒坊府学，原故址改创知府廨舍，后书院逐渐荒废。

清康熙三十年（1691年），瓯宁知县邓其文将建安书院从崇儒坊府学改建于右卫旧基义学之右（今建瓯御花苑小区），祀建州诸先儒，在书院后建文昌阁，右创讲堂，设置射圃，以为诸生讲学观德之所，并改名建溪书院。次年，在书院设义学，聘请名师教授家境贫苦的学生，建溪书院前（今建瓯西大街东段）因之称“义学前”。乾隆十九年（1754年），建宁府知府史曾期翻新书院，从建安、瓯宁、建阳、崇安、浦城等县筹集苗谷720石及茶叶、掺油、山场租银若干作为书院经费。道光四年（1824年），建宁府知府陈俊千、建安知县包干臣等重修建溪书院，有书舍24间，并遵循官办书院定制，分官课、师课每月考试，且每年的甄别考试有一定的生员录取名额，根据考试成绩发放学生膏火。

清康熙《瓯宁县志》建溪书院绘图

光绪二十七年（1901年），各省书院中属省城者改为大学堂，属各府者改为中学堂，强调“教法当以四书五经、纲常大义为主”。光绪三十二年，建宁府知府白增煜在建溪书院创办建郡中学堂，光绪三十四年停办。宣统元年（1909年），建溪书院改称建宁府中学堂。民国以后，先后又改称为建瓯中学校、福建省立第五中学校、福建省第五初级中学校等。民国18年（1929年），学校成立高中班，为六年制中学，称福建省立建瓯中学。1949年，与建瓯县立中学合并，称福建省建瓯人民中学。1952年，合并私立培汉中学，改称福建省立建瓯中学。1956年，改为福建省建瓯第一中学，延续至今。

回顾建瓯书院的历史，建安书院与建溪书院堪为佼佼者。凭借官办书院的优势，建安书院具有更高的规格和更优秀的师资。师资方面，建安书院创立时的首聘山长蔡模是朱子私淑弟子，郑师尹为朱子高弟廖德明弟子。随后，如浙江名儒项安世之子项寅孙，秘书省正字林翼龙，教授徐几，及后来官至右丞相的黄铺，元代的陈印翁、黄君复等人都担任过建安书院山长。他们不仅教书育人，也在书院著述立说。蔡模在书院期间，撰有《文公年谱大略》《易传集解》《大学衍论》《河洛探赜》《续近思录》《论孟集疏》等与朱子理学关联的著作，其中《文公年谱大略》成为后世研究朱子生平珍贵的考据书。清代历任建宁知府也十分重视建溪书院，聘请名人为山长，主讲书院。

“庆元党禁”时期禁锢理学，朱子著述遭到毁灭性破坏。建安书院创立后，广泛收集、整理、刻印、教授朱子理学著述。如，南宋淳祐年间（1241—1252年），浙江名儒项安世之子项寅孙，在建安书院刻印其父所撰的《周易玩辞》十六卷；元代，建安书院山长黄君复曾主持刻印《蜀汉本末》；清代，朱子建安十六代孙朱玉编成《朱子文集大全类编》，并在建溪书院刻印传世，推动了书院藏书多元化，对传播朱子理学发挥了重要作用。

建安书院建成至建溪书院改为新式学校期间，开馆纳学，传播教化，惠及建安、瓯宁、建阳、崇安等七地学子，先后走出了205名进士，如撰《近思录集解》的南宋理学家叶采、官至内阁首辅的明代政治家杨荣等。

2023年，建瓯市委市政府为加快“千年建州·理学名城”建设，传承弘扬朱子文化，扩大建瓯朱子理学发祥地的影响力，打响城市品牌，投资3700多万元在宋代原址重建建安书院。2024年10月，新落成的建安书院为三院落建筑，中轴线设置明伦堂和藏书阁，其中明伦堂主要为理学文化展示区兼讲堂，藏书阁为二层建筑，一楼为展示建安书院整理、抢救理学文献、书籍之处，二楼收藏建瓯图书馆所有珍贵古籍、善本；西侧为义学院落，主要功能为讲堂，兼具建版、建本、古琴体验和书画练习；东侧为朱子祠，是一座集奉祀、讲学、藏书功能为一体的传统规制与现代功能相结合的书院。

2024年在宋代原址重建的建安书院