土地资源：境内土地总面积3941.95万亩，占全省陆地面积的2l.2％。人均拥有土地13亩，高于全省人均7.2亩的水平。全市耕地面积保有量357.65万亩，占全省耕地面积的17.84％，其中基本农田面积284.70万亩。按户籍总人口计算人均耕地1.12亩。全市山地面积3055.40万亩(自然资源数据)，占全省山地的24.47％，居第一位，按户籍总人口计算人均l0．4亩，按农业人口计算人均15.6亩。按使用权属分，国有348.68万亩(自然资源数据)，占8％；农户经营2664.23万亩，占84.1％；其它250.5万亩，占7.9％。
森林资源：南平素有“八山一水一分田”之称，是中国南方重点林区。森林覆盖率78.85%，居全省第二，森林蓄积量1.83亿立方米，居全省第一。全市林业用地面积3252.9万亩，约占全省的1/4。乔木林地面积2350.6万亩；竹林地面积652.1万亩，其中毛竹林面积642.9万亩；特殊灌木林地面积93.8万亩。全市现有3个“中国竹子之乡”（建瓯市、顺昌县、武夷山市），2个“中国特色竹乡”（建阳区、光泽县），2个“中国油茶之乡”（浦城县、顺昌县），1个“中国无患子之乡”（顺昌县），1个“中国百合之乡”（延平区），全国4个“中国锥栗之乡”中南平占3个（建瓯市、政和县、建阳区），顺昌县是全国唯一的“中国杉木之乡”，浦城县是全国唯一的“中国丹桂之乡”。全市重点生态公益林（地）面积836.6万亩，其中国家级600.9万亩、省级235.7万亩。全市林业自然保护区（含保护小区）占国土面积的比例达7.04%，湿地保有量达66.6万亩。全市现有国家公园1个（武夷山国家公园），国家级自然保护区2个（武夷山、延平茫荡山），省级自然保护区5个（邵武将石、建瓯万木林、松溪白马山、武夷山黄龙岩、顺昌七台山）；省级以上森林公园26个，其中国家森林公园3个（武夷山、浦城匡山、武夷天池）。国家湿地公园1个（政和念山）。
水力资源：境内森林茂盛，雨量充沛，溪河纵横，水库棋布，水力资源丰富。闽江和建溪、富屯溪干支流水力资源理论蕴藏量为387.37万千瓦，居全省第一位。其中建溪流域干支流47条、200.9万千瓦；富屯溪干支流40条、130.1万千瓦；闽江（延平至尤溪口）36.6万千瓦。水力资源进一步开发利用的潜力较大，前景广阔。
矿产资源：南平市处于全国重点成矿带之一---武夷成矿带中部，有良好的地质成矿条件，矿产资源较为丰富，也是寻找贵金属（金、银）、有色金属（铜、铅、锌、钼）、非金属矿的成矿远景区。已发现的矿种有76种，已探明储量的矿产资源59种，其中水汽矿产1种，列入福建省矿产资源储量表的固体矿产50种，其中能源矿产1种（煤）、金属矿产16种、非金属矿产33种。全市矿山共有173个，普通建筑用砂石土、饰面石材等56个，约占总数的三分之一；其余主要矿种为萤石矿34个、铅锌矿16个、金银矿9个、透辉石矿8个、石英矿7个、铁矿6个、石灰岩5个、硫铁矿3个、钼矿3个、高岭土2个、矿泉水2个。储量居我省首位的有铀、钽、铌、金、萤石、叶腊石、硫铁矿、石墨、透辉石等；储量名列我省前茅且优势明显的有铅、锌、铜、石灰石、饰面石材、高岭土等。
旅游资源：独特的地貌和气候条件构成南平区域内得天独厚的旅游资源。以北部武夷山、古汉城为龙头，向二区三市五县延伸的景点有茫荡山、延平湖、天成岩、万木林、佛子山和归宗岩等150多个景点，自然景观、人文景观与生态景观交相辉映，构成独具特色的旅游网络。武夷山1979年被国务院列为全国5个重点自然保护区之一；1982年被定为国家首批44个重点风景名胜区之一；1987年被联合国科教文组织列入“人与生态圈”保留地网组织；1999年12月，被联合国教科文组织列入《世界文化与自然遗产名录》；2016年被列入国家公园体制试点。武夷山景区内有九曲溪、天游等景点300多处。武夷山同时是一座历史悠久的文化名山，商周架壑船棺、汉城遗址、宋遇林亭窑址、摩崖石刻等文化古迹比比皆是。自然保护区内山高林密，动植物资源丰富，森林覆盖达95.3％，以“生物模式标本产地”“研究亚洲两栖爬行动物的钥匙”而蜚声中外。周围两万多公顷的原始森林，蕴藏着极为丰富的动植物资源，被誉为“昆虫世界”“鸟类天堂”“蛇的王国”“世界动物之窗”，是人类探索大自然奥秘的宝库。2009年12月，政和佛子山、顺昌宝山被国务院列为第七批国家级风景名胜区。茫荡山为国家级自然保护区和省级风景名胜区，位于延平城区西北部，离市区约15千米，景区有仙人叠石、蛤蟆石、百丈飞瀑、天湖、瑞化龙桥、晴雨树等胜景几十处。茫荡山东部有一条用石块铺砌的闽赣古道，俗称“三千八百坎”。溪源峡谷“十里游廊”横亘在茫荡山脉的西部。南平市省级风景名胜区还有：建瓯市万木林，是福建省最早划定的森林生态型自然保护区；建瓯市归宗岩，有“十景三洞一寺”诸景观。2007年，武夷山风景名胜区被评为国家首批5A级旅游景区。2011年，顺昌华阳山、延平溪源峡谷、邵武天成奇峡被评定为国家4A级旅游景区。2014年，邵武和平古镇、武夷山茶博园（大红袍体验中心）被评定为国家4A级旅游景区；武夷山武夷源、玉龙谷、顺昌张墩等5个景区被评定为国家3A级旅游景区。2017年，建阳武夷花花世界、浦城包酒文化博览园被评定为国家4A级旅游景区；顺昌云坑古镇等14个景区被评定为国家3A级旅游景区。2019年，邵武金坑红色旅游景区被评定为国家4A级旅游景区。至2019年末，全市共有A级景区64家。
草场资源：境内天然草场面大土沃，为发展牛、羊等牲畜提供广阔天地。据调查，全市现有天然草场面积387.45万亩，占土地总面积的9.8％。其中可改造利用面积368.15万亩，理论载畜量26.36万头（标准黄牛单位）。其中面积在300亩以下的零星边地草场有283.61万亩；300—1000亩的有236片12.3l万亩；1000—5000亩的有206片35.16万亩；5000—10000亩的有36片20.85万亩；1万亩以上的有13片16.22万亩。草场植被分类明显，牧草品种较多。在可利用草场中，植被情况可分为草丛类、灌木草丛类、林间灌草丛类、疏林草丛类、灌丛类、草甸类、农林间隙地灌草丛类等七个类型，分布全市。牧草有55科200多种，其中以紫花苜蓿、菊苣、黑麦革、五节芒、芒箕骨、白茅、野古草、画眉草、胡枝子、小苦竹、狗尾草、野葛、狼牙根、牛鞭草、马唐、雀稗、杂灌等为多。全市已有延平、建阳、建瓯、顺昌、浦城等县（市、区）开展人工草场开发改良和综合利用，人工种植牧草11.85万亩。
植物资源：全市有植物1790多种，仅种子植物就有110科、1200多种。针叶树、常绿阔叶树和乔灌木等森林植物有400余种。大宗用材林主要有杉木、马尾松、阔叶林三大类。竹类植物有80多种，毛竹为多，其次有绿竹、麻竹、芦竹、苦竹、黄竹、雪竹、刚竹等。油脂植物、纤维植物、淀粉植物以及其他食用植物也很丰富，其中大宗提供利用的有油茶、油桐、乌柏、生漆、山苍籽、香樟、香榧、棕榈、苎麻、黄麻，板栗、木薯、茶叶和各种水果。药用植物有泽泻、厚朴、九节茶、七叶一枝花、十大功劳等700多种。蕨类、苔藓、地衣、真菌等760多种，其中蕨类、苔藓360多种，地衣、真菌400多种。境内山区珍稀名贵树种较多，有古老的“活化石”——银杏，材质优良的楠木、花榈木、桂花木，木质细硬的降香黄檀，适于工艺雕刻的黄杨木，珍贵稀有的香果树、紫檀、亮叶永青岗，红豆杉、紫杉、木莲红椿、钟萼本、银鹊树、白蜡树、金钱松、三尖松、铁杉、穗花杉等。福建省推荐列为1－4类保护的珍稀植物，闽北有三分之二种类。
野生动物资源：境内森林植被丰富多样，为动物的栖息繁衍提供基本条件。全市有各种高等动物兽类近百种，分属22科46属，约占全国四分之一；鸟类近400种，占全国三分之一多；两栖类33种；山溪鱼类33种；昆虫31个目，200多科，2000多种。
武夷山自然保护区有“蛇的王国”之称，已知蛇类有63种，占全国160种的39%、全省77种的82%。主要蛇类有蕲蛇（五步蛇）、银环蛇、青竹蛇、眼镜蛇、腹蛇、蟒蛇、灰鼠蛇等。在数量上，单是我国特产的五步蛇在保护区内约有50万条以上。
闽北水域鱼类有17科138种（包括亚种），主要养殖有草鱼、鲤鱼、鲢鱼、鲫鱼、罗非鱼、团头鲂鱼等。龟类有l0多个科近60种。两栖类有田鸡、青蛙、棘胸蛙、鳖、龟等。贝壳类常见的有腹足田螺。双壳类有砚、蚌。甲壳类有草虾、溪蟹等。
闽北珍稀动物较多，主要有野猪、熊、云豹、精猪、猕猴、短尾猴、苏门羚、马麂、金猫、大灵猫、小灵猫、毛冠鹿、大自鼠、白蝙蝠、髭蜡（角怪）、蛙蛙鱼、武夷湍蛙、华东雨蛙、大头平胸龟、南海闪磷蛇等。鸟类中的中华小隼、山鹧鸪、黄腹角雉、蜂鸟、白颈长尾雉等，在全国境内只在闽北繁殖生长。
微生物资源：食用菌资源：主要种类有香菇、凤尾菇、磨菇、红菇、银耳、竹荪、金针菇、梨菇、黄瓜菇、稻草菇、平菇、黑木耳、红侧耳、猴头菇、赤芝、紫芝、茯苓等。害虫天敌寄生菌：主要有白僵菌、苏云金杆菌、线虫、菜青虫病毒、柑桔锈壁虱多毛菌等微生物。土壤有益微生物：有大豆根瘤菌、花生根瘤菌、紫云英根瘤菌、鸡眼草根瘤菌、胡枝子根瘤菌等，都具有固氮能力。此外，还有菌根菌、放线菌等，都可促使农作物良好生长。